菌類は大形のキノコであった。
微小な菌類をみたのは顕微鏡の発明後である。
キノコやカビは、体が微細な糸状の菌糸でできているので、両者は同類と考えられた。
生物の分類が単純な動植二分法で行われるようになってからは、キノコやカビは動物のようには動かないので植物類に含められた。
これらの菌類には、他の植物にみられるクロロフィルはない。
ムラサキホコリカビのような変形菌類には菌糸はないが、クロロフィルもないのでカビの仲間入りをした。
これらの菌類はクロロフィルが退化した下等植物であり、花の咲かない隠花植物であると考えられた。
一方、腐敗や病気の原因として細菌類が浮かび上がった。
